Η χρήση του φυσικού αερίου στις μεταφορές συμβάλει στην επίτευξη του ευρωπαϊκού στόχου για την αντιμετώπιση της κλιματικής αλλαγής.

Σύμφωνα με το Κέντρο Ανανεώσιμων Πηγών Ενέργειας (ΚΑΠΕ), τα οχήματα φυσικού αερίου είναι πολύ φιλικά προς το περιβάλλον αναφορικά με τις εκπομπές αερίων ρύπων, δηλαδή τις εκπομπές που επιβαρύνουν την ανθρώπινη υγεία, όπως τα μικροσωματίδια (PM), το μονοξείδιο του άνθρακα (CO), το διοξείδιο του άνθρακα (CO₂), τα οξείδια του θείου (SΟx), τα οξείδια του αζώτου (NOx) και των καρκινογόνων υδρογονανθράκων (HC) κυκλικούς και ακόρεστους, που δημιουργούνται από την ατελή καύση των συμβατικών καυσίμων.

Τα οχήματα φυσικού αερίου έχουν σχεδόν μηδενικές εκπομπές μικροσωματιδίων, μηδενικά οξείδια του θείου (SΟx), ελάχιστους κυκλικούς υδρογονάνθρακες, πολύ λιγότερα αζωτοξείδια (ΝΟx) και λιγότερο διοξείδιο του άνθρακα (CO₂). Για τα μικροσωματίδια και τα οξείδια του θείου ενέχονται κυρίως οι πετρελαιοκινητήρες.

Οι κινητήρες που λειτουργούν με φυσικό αέριο παράγουν 25% λιγότερο διοξείδιο του άνθρακα από αυτούς της βενζίνης και 35% λιγότερο από αυτούς του πετρελαίου.